研究领域

微生物计算生物学、生物信息学与智能算法，重点开展微生物组/基因组分析方法及生物信息工具开发。

个人简介

廖和睿，博士，深圳理工大学计算机科学与人工智能学院教研助理教授、特聘副教授、博士生导师。2024年获香港城市大学博士学位，随后入选MIT–Novo Nordisk人工智能博士后项目，于美国麻省理工学院开展博士后研究。主要从事微生物计算生物学与生物信息学研究，致力于开发算法、计算模型和生物信息工具，解决微生物组与微生物基因组研究中的重要科学问题。研究成果以第一或共同第一作者发表于Genome Biology、Microbiome、Genome Research、Bioinformatics等国际权威期刊，所开发生物信息软件累计下载超过30,000次。

主要研究方向

课题组聚焦微生物计算生物学与生物信息学，围绕“算法与工具开发-微生物组/基因组解析-实际问题应用”开展交叉研究。主要研究方向包括：一是面向复杂微生物组和微生物基因组数据，开发高效、准确且具有可解释性的生物信息算法与软件工具，重点关注菌株水平识别、基因组变异分析及微生物群落精细解析；二是结合机器学习与人工智能方法，构建微生物功能、群落变化及宿主相关表型的计算预测模型，并探索大规模微生物组数据中的可泛化规律；三是开展微生物耐药相关计算研究，从基因组和多组学数据中预测耐药表型、挖掘潜在耐药相关特征与机制；四是建设面向微生物研究的数据资源、知识库及自动化分析工具，提高复杂生物信息分析流程的效率与可用性；五是探索生成模型等新型计算方法在生物序列分析、功能预测与设计中的应用。课题组强调计算方法创新与真实生物学问题相结合，注重开源软件开发、方法验证和实际应用，推动计算技术服务于微生物基础研究、疾病研究及相关转化场景。

学习经历

2019–2024，香港城市大学，电机工程学系，博士（计算生物学与生物信息学方向）
2014–2018，大连理工大学，生物信息学，工学学士

工作经历

2026–至今，深圳理工大学计算机科学与人工智能学院，教研助理教授、特聘副教授、博士生导师
2024–2026，美国麻省理工学院医学工程与科学研究所（IMES），MIT–Novo Nordisk人工智能博士后研究员
2024，香港城市大学，兼职研究助理
2018–2019，康美华大基因技术有限公司，生物信息工程师
2017–2018，华大基因，实习生

国际影响力

研究成果发表于Genome Biology、Microbiome、Genome Research、Bioinformatics等国际期刊；开发VirStrain、StrainScan、GDmicro等生物信息工具，相关软件累计下载超过30,000次。

所获荣誉

MIT–Novo Nordisk人工智能博士后项目（2024）；香港特别行政区政府Talent Development Scholarship（2023）；香港城市大学Research Tuition Scholarship（2022）；第八届香港大学生创新及创业大赛二等奖（2022）。

科研成果

围绕微生物菌株水平分析、微生物基因组与微生物组计算方法开展研究，代表性工作包括VirStrain（Genome Biology）、StrainScan（Microbiome）和GDmicro（Bioinformatics）等。相关研究重点推动高分辨率微生物识别、复杂微生物数据分析及生物信息软件工具开发。

代表性文章

(1) Herui Liao; Dehan Cai; Yanni Sun; VirStrain: a strain identification tool for RNA viruses, Genome Biology, 2022, 23(1): 1-28
(2) Herui Liao; Yongxin Ji; Yanni Sun; High-resolution strain-level microbiome composition analysis from short reads, Microbiome, 2023, 11(1): 1-24
(3) Herui Liao; Arolyn Conwill; Ian Light-Maka; Martin Fenk; Alyssa H. Mitchell; Evan B. Qu; Paul Torrillo; Jacob S. Baker; Felix M. Key; Tami D. Lieberman; High-accuracy SNV calling for bacterial isolates using deep learning with AccuSNV, Genome Research, 2026.
(4) Herui Liao; Jiayu Shang; Yanni Sun; GDmicro: classifying host disease status with GCN and Deep adaptation network based on the human gut microbiome data, Bioinformatics, 2023, 39(12): 1- 11
(5) Herui Liao; Yanni Sun; Shujun Ou; Accelerating de novo SINE annotation in plant and animal genomes, Mobile DNA, 2024, 15(1): 1-7
(6) Lu Zhang†; Xiaodong Fang†; Herui Liao†; Zhenmiao Zhang; Xin Zhou; Lijuan Han; Yang Chen; Qinwei Qiu; Shuai Cheng Li; A comprehensive investigation of metagenome assembly by linked-read sequencing, Microbiome, 2020, 8(1): 1-11. (†:共同第一作者)
(7) Haiying Ma†; Herui Liao†; Walter Dellisanti; Yanni Sun; Leo Lai Chan; Liang Zhang; Characterizing the Host Coral Proteome of Platygyra carnosa Using Suspension Trapping (S-Trap), Journal of Proteome Research, 2021, 20(3): 1783-1791. (†:共同第一作者)